Para el Padre Pío las apariciones ya comenzaron cuando todavìa era joven. El pequeño Francesco no habló nunca porque creyó que las apariciones eran cosas que ocurrieran a todas las almas. Las apariciones eran de Ángeles, de Santos, de Jesús, de la Virgen, pero a menudo, también de demonios. En los últimos días de diciembre de 1902, mientras él estaba meditando sobre su vocación, Francesco tuvo una visión. He aquí como la describió, muchos años después, “Francesco vio a su lado a un hombre majestuoso de rara belleza, resplandeciente como el sol, que le tomó por la mano y lo animó con la precisa invitación: “Vienes conmigo porque te conviene combatir de bravo guerrero”. Francesco fue conducido a un gran campo, entre una multitud de hombres que fue dividida en dos grupos: En una parte habían hombres de rostro guapísimo y cubiertos de vestidos blancos, cándidos como la nieve, de la otra eran como hombres de horroroso aspecto y vestidos de negro sombríos y oscuros. (Explicación. Vienes conmigo (con Jesús), porque te conviene combatir (te conviene luchar contra la tentación, así te haces mas fuerte), bravo guerrero (buen cristiano).Inútil es tu resistencia (habla la tentación), con este conviene combatir. Ánimo (le dice Jesús), entra confiado en la lucha (puedes vencer al maligno), avanza atrevidamente que Yo te seré propicio (puedes retar al enemigo que siempre estaré contigo); te ayudare y no permitiré que el te venza.) El joven situado entre aquellas dos alas de espectadores, vio venir a su encuentro un hombre de desmedida altura, tan alto, que podía tocar con la frente las nubes, y con un rostro horroroso. El personaje resplandeciente que tuvo a su lado lo exhortó a batirse con el personaje monstruoso. Francesco rogó evitar el furor del extraño personaje, pero aquel luminoso no aceptó: “Inútil es tu resistencia, con éste conviene combatir”. Ánimo, entra confiado en la lucha, avanza atrevidamente que yo te seré propicio; te ayudaré y no permitiré que él venza”. El combate fue aceptado y resultó terrible. Con la ayuda del personaje luminoso siempre ayudándole, Francesco venció. El personaje monstruoso, obligado a huir, se arrastró tras aquella gran multitud de hombres con horroroso aspecto, entre gritos, imprecaciones se aturdió. La otra multitud de hombres del vago aspecto, emanó voces de aplauso y laudos verso al que asistió al pobre Francesco, en una tan áspera batalla. El personaje espléndido y luminoso más que el sol, puso sobre la cabeza de Francesco victorioso una corona de rara belleza, que inútil sería describirla. La corona fue retirada por el personaje bueno el que precisó: “Otra más bonita tengo para ti guardada. Si tú supieras luchar con aquel personaje con el que ahora has combatido. Él siempre volverá al asalto…; combates de bravo y no dudes en mi ayuda… no te asustes por su horrorosa presencia…. Yo estaré cerca de ti, yo siempre te ayudaré, para que tú logres vencerlo”. Tal visión fue seguida, luego, de reales batallas con el Diablo. El Padre Pío enfrentó en efecto numerosas batallas contra el “enemigo” de las almas en el marco de su vida, con el propósito de arrancar las almas de las cadenas de Satanás.

Una tarde el Padre Pío estaba descansando en una habitación, en la planta baja del convento, que fue destinada a hospedería. Estuvo solo descansando, y apenas se había extendido sobre el sofá cuando, de repente, he aquí que vino a comparecerle un hombre envuelto en una negra capa. El Padre Pío, sorprendido, levantándose, interrogó al hombre quién era y qué quería. El desconocido le contó que era un alma del Purgatorio. “Soy Pietro Di Mauro. He muerto en un incendio, el 18 de septiembre de 1908, en este convento que fue destinado a un geriátrico, después de la expropiación de los bienes eclesiásticos. Morí entre las llamas, en mi cama de paja, sorprendido en el sueño, justo en esta habitación. Vengo del Purgatorio: el buen Dios me ha concedido la gracia de veniros a preguntar si podrías ofrecer la Santa Misa de mañana por mi descanso eterno. Gracias a esta Misa podré entrar al Paraíso”. El Padre Pío aseguró que ofrecería la Santa Misa por su alma. El. Padre Pío contó: “Yo, quise acompañarlo a la puerta del convento, para despedirlo, y cual sería mi sorpresa; que una vez a mi lado desapareció repentinamente. Por lo que me di verdaderamente cuenta de haber hablado con un difunto”. Tengo que decir que regresé al convento muy asustado. Al padre Paolino de Casacalenda, Superior del convento, que notó mi agitación, le pedí el permiso de celebrar la Santa Misa en sufragio de aquella alma necesitada; después, naturalmente, de haberle narrado lo ocurrido”. Tiempo después, el Padre Paulino, despertado por la curiosidad, quiso hacer la averiguación. Fue al Despacho del registro del ayuntamiento de San Giovanni Rotondo, solicitó y consiguió el permiso de consultar el registro de los fallecidos en el año 1908, la narración del Santo Padre Pío correspondió a la realidad. En el registro relativo a las muertes del mes de septiembre, el padre Paulino localizó el nombre, el apellido y la imputación de la muerte: “En fecha el 18 de septiembre de 1908, en el incendio del geriátrico Pietro Di Mauro verdaderamente murió.”

La Señora Cleonice Morcaldi de San Giovanni Rotondo fue una hija espiritual del Padre Pío. A un mes de la muerte de su mamá, el Padre Pío le dijo: “Esta mañana tu mamá ha volado al Paraíso, la he visto mientras estaba celebrando la Misa.” Lo que quiere decir que tuvo la gentileza de ofrecer la misa por el descanso eterno de su alma.

El Padre Pío contó esta historia al Padre Anastasio. “Una tarde, mientras yo estaba solo en el coro para orar, oí el susurro de un traje y ví a un monje joven que revolvió al lado del altar principal. Parecía que el joven monje estaba desempolvando los candelabros y arreglando los jarrones de las flores. Yo pensé que él era el Padre Leone que estaba reestructurando el altar; y como ya era la hora de la cena, me acerqué a él y le dije: “Padre Leone, vaya a cenar, no es tiempo para desempolvar y reparar el altar”. Pero una voz que no era la voz del padre Leone me contestó”: “yo no soy el Padre Leone”, “¿y quién es usted? “, le pregunté. “Yo soy un hermano suyo que hice el noviciado aquí, mi misión era limpiar el altar durante el año del noviciado. Desgraciadamente en todo ese tiempo yo no reverencié a Jesús Sacramentado, Dios Todopoderoso, como debía haberlo hecho, mientras pasaba delante del altar. Causando gran aflicción al Sacramento Santo por mi irreverencia; puesto que el Señor se encontraba en el tabernáculo para ser honrado, alabado y adorado. Por este serio descuido, yo estoy todavía en el Purgatorio. Ahora, Dios, por su misericordia infinita, me envió aquí para que usted decida el tiempo desde cuando que yo podré disfrutar del Paraíso. Y para que Ud. cuide de mí.” Yo creí haber sido generoso con esa alma en sufrimiento, por lo que yo exclamé: “usted estará mañana por la mañana en el Paraíso, cuando yo celebre la Santa Misa.”. Esa alma lloró: “Cruel de mí, que malvado fui.” Entonces él lloró y desapareció.  Esa queja me produjo una herida tan profunda en el corazón, la cual yo he sentido y sentiré durante toda mi vida. De hecho yo habría podido enviar esa alma inmediatamente al Cielo pero yo lo condené a permanecer una noche más en las llamas del Purgatorio.”

Carta que el Padre Pío escribió a su director espiritual: Carta al Fraile Agostino, del 7 de abril de 1913, “Mi estimado Padre, yo todavía estaba en la cama el viernes por la mañana, cuando el Señor Jesús se me apareció. Él se encontraba golpeado y desfigurado. Él me mostró una gran muchedumbre de sacerdotes y dignatarios eclesiásticos indiferentes, quienes estaban celebrando vistiendo sus sagradas túnicas. Cuando yo vi a mi Jesús en esta condición sentí un gran sufrimiento, por consiguiente, yo le pregunte porqué él sufrió tanto. Él no me contestó, él me mostró a los sacerdotes que debía castigar. Pero poco después, el Señor estaba tristísimo al mirar a estos sacerdotes y yo noté, con gran horror, dos lágrimas enormes que emanaron del Santo Rostro. Jesús salió de esa muchedumbre de sacerdotes y con una gran expresión de aversión en la cara, lloró’: ¡”Carniceros”! “Entonces Él me dijo: “Mi Niño, no creas que mi agonía ha sido de tres horas, no; realmente yo estaré en la agonía hasta el fin del mundo; debido a las almas que yo amo. Durante el tiempo de la agonía, mi niño, nadie puede dormir. Mi alma va buscando alguna gota de piedad humana, pero ellos me dejan solo bajo el peso de la indiferencia. La ingratitud hace más severa la agonía para mí. ¡Ellos responden mal a mi amor! El tormento mayor para mí es que crece en las personas su desprecio, indiferencia, e incredulidad. Cuántas veces mi ira deseó destruirlos por el relámpago, pero yo me detuve por los ángeles y las almas que me aman….. Escribe a tu padre y nárrale lo que has visto y Yo te dije en esta Mañana. Dile que muestre tu carta al Padre provincial… “Jesús continuó hablando pero yo nunca puedo revelar lo que él dijo… ”
(PADRE PIO DA PIETRELCINA: Epistolario I° (1910-1922) a cura di Melchiorre da Pobladura e Alessandro da Ripabottoni – Edizioni “Padre Pio da Pietrelcina” Convento S.Maria delle Grazie San Giovanni Rotondo – FG)

En la carta al Padre Agostino del 13 de febrero de 1913: Nuestro Padre Jesucristo me reveló “no te preocupes, yo le haré sufrir pero yo también te daré la fuerza” – “Yo deseo que tu alma se purifique e con el martirio oculto diario; no te asustes si yo permito al Diablo atormentarte, y al mundo para hastiarlo, porque nadie ganará contra esas personas que sufren bajo la cruz por mi amor y que yo he decidido protegerlos. ”
(PADRE PIO DA PIETRELCINA: Epistolario I° (1910-1922) a cura di Melchiorre da Pobladura e Alessandro da Ripabottoni – Edizioni “Padre Pio da Pietrelcina” Convento S.Maria delle Grazie San Giovanni Rotondo – FG)

La carta al Padre Agostino, del 18 de noviembre de 1912, “… Jesús, su estimada Madre, y el Ángel Guardián; estuvieron visitándome con otros para animarme, me dijeron que ellos no se olvidan de decirme que la víctima, ser llamado la víctima, tiene que perder toda su sangre.”
(PADRE PIO DA PIETRELCINA: Epistolario I° (1910-1922) a cura di Melchiorre da Pobladura e Alessandro da Ripabottoni – Edizioni “Padre Pio da Pietrelcina” Convento S.Maria delle Grazie San Giovanni Rotondo – FG)
La carta para al Padre Agostino, del 12 de marzo de 1913, “… mi padre, escucha las quejas de nuestro dulce Jesús: ¡Se reembolsa “mi amor para los hombres con tanta ingratitud! Esas personas me hubieran ofendido menos si yo los hubiera amado menos. Mi padre no quiere llevárselos todavía. ¡Me gustaría dejar de amarlos, pero… (Y aquí Jesús guardó silencio y, luego desprevenidamente me dijo:) ¡pero mi corazón es hecho para amar!. Los hombres no hacen el intento de superar las tentaciones. Más bien estos hombres disfrutan sus faltas de equidad. Las almas que Yo amo más son las que sufren una tentación, y cuando ellos no tienen éxito resistiendo, me invocan pidiendo ayuda, y Yo me presento y las fortifico en la tentación. Las almas débiles se desaniman y desesperan. Las almas fuertes que confían en Jesús, me llaman y Yo vengo para relajarlos. Ellos me dejan solo por la noche y en la mañana en la Iglesia. Ellos no cuidan del Sacramento del Altar; ellos ya no hablan de este sacramento de amor; también, las personas que hablan del sacramento lo hacen con la tanta indiferencia y frialdad. De mi Corazón se han olvidado; nadie cuida de mi amor; Yo siempre me entristezco. Mi casa se ha vuelto un teatro de obras para muchas personas; incluso mis sacerdotes que yo siempre he protegido cuidadosamente, que yo he amado como la niña de mis ojos; ellos deben confortar mi corazón lleno de amargor; ellos deben ayudarme en la redención de las almas, en cambio…. ¿Quién lo creería? Yo recibo la ingratitud de ellos. Yo veo, Hijo mío, a muchos de ellos que… (Aquí él se detuvo, los hipos le apretaron la garganta, él lloró) que bajo la semejanza falsa ellos me traicionan con las comuniones sacrílegas, mientras Yo estoy estampando en ellos la luz y las fuerzas que continuamente les doy… “.
(PADRE PIO DA PIETRELCINA: Epistolario I° (1910-1922) a cura di Melchiorre da Pobladura e Alessandro da Ripabottoni – Edizioni “Padre Pio da Pietrelcina” Convento S.Maria delle Grazie San Giovanni Rotondo – FG)
Carta a Padre Benedetto del 17 de diciembre de 1917: … “En una de las visitas que tuve de Jesús en estos días, le pregunté con más insistencia si pudiera tener compasión de las pobres naciones, tan a prueba por la desdicha de la guerra y que por fin cediera su justicia y misericordia. ¡Cosa extraña! Él no contestó sino con una señal de mano, que quiso decir: despacio, tranquilo. Pero ¿cuándo?, añadí yo. Y él, con seriedad y con una media sonrisa en boca, posó su mirada sobre de mí y sin decir palabra se despidió.”